统计内含子个数

awk -F'\\t' '{
    # 查找外显子行
    if ($3 == "exon") {
        # 获取Parent字段（包含基因ID），并提取其值
        n = split($9, arr, ";");
        for (i = 1; i <= n; i++) {
            if (arr[i] ~ /^Parent=/) {
                gene_id = arr[i];
                sub("Parent=", "", gene_id);  # 去掉 "Parent=" 字符串，只保留基因ID
                exons[gene_id]++;  # 记录该基因的外显子数量
                break;
            }
        }
    }
}
END {
    # 打印每个基因的内含子数目（外显子数目减去 1）
    for (gene in exons) {
        intron_count = exons[gene] - 1;  # 内含子数目等于外显子数目减 1
        if (intron_count < 0) { intron_count = 0; }  # 防止负数
        print gene " has " intron_count " introns";
    }
}' GWHBJUL00000000.gff > 1.txt 

统计外显子个数

awk -F'\\t' '{
    # 查找外显子行
    if ($3 == "exon") {
        # 获取Parent字段（包含基因ID），并提取其值
        n = split($9, arr, ";");
        for (i = 1; i <= n; i++) {
            if (arr[i] ~ /^Parent=/) {
                gene_id = arr[i];
                sub("Parent=", "", gene_id);  # 去掉 "Parent=" 字符串，只保留基因ID
                exons[gene_id]++;  # 记录该基因的外显子数量
                break;
            }
        }
    }
}
END {
    # 打印每个基因的外显子数目
    for (gene in exons) {
        print gene " has " exons[gene] " exons";
    }
}' GWHBJUL00000000.gff > exon.txt

合并

join -t $'\\t' -1 1 -2 1 exon.txt intron.txt > merged.txt

家族成员鉴定

进化树美化