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samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。
首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。
软件下载安装：
地址：https://sourceforge.net/projects/samtools/
解压下载后的压缩文件，然后你会看到README文件，里面有详细的安装操作说明。
安装成功后，运行samtools，你会看到：
目前最新版本是1.3.1
下面我们针对samtools的主要命令以及参数做个实例演示。
操作文件下载：
wget <http://popgen.dk/software/download/angsd/bams.tar.gz>
解压后，在bams文件夹下，你会看到10个bam文件：
名字太复杂，进行批量重命名
**rename "s/.mapped.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111****14.bam//" ***
结果如下：
1、view