单个建立：

mkdir 5199
mv test/* 5199
jbrowse add-assembly ~/genomic/as/BAAIEH01.1.fsa_nt.fna.gz   --name "Cladonia-species"   --load copy
jbrowse add-track ~/gff/BAAIEH01.1.fsa_nt.gff3   --assemblyNames "Cladonia-species"   --load copy   --name 'Cladonia-species'

批量建立脚本

给每个文件进行处理

for i in ls *gff3; 
do sort -k1,1 -k4,4n $i > $i.sorted.gff3; 
bgzip $i.sorted.gff3 ; 
tabix -p gff $i.sorted.gff3.gz;
done

for i in *fna ; 
do bgzip $i; 
samtools faidx $i.gz; 
done

#!/usr/bin/env bash
set -euo pipefail

############################
# 可配置路径
############################
SPECIES_TSV=/home/ubuntu/lichen/jbrowse/data/spe.tsv
TEMPLATE_DIR=/home/ubuntu/lichen/jbrowse/data/test
JBROWSE_DATA_DIR=/home/ubuntu/lichen/jbrowse/data/
FASTA_DIR=/home/ubuntu/genomic/as
GFF_DIR=/home/ubuntu/gff

############################
# 跳过表头，逐行读取
############################
tail -n +2 "$SPECIES_TSV" | while IFS=$'\\t' read -r \\
  species BioProject_ID taxid Organism_name Assembly_level Sequencing_technology \\
  total_length contig_N50 gc_perc GenBank_accession
do
  echo "==> Processing $species ($GenBank_accession)"

  ##################################
  # 1. 为每个物种建独立目录（用 taxid）
  ##################################
  workdir="${JBROWSE_DATA_DIR}/${taxid}"
  #mkdir -p "$workdir"

  ##################################
  # 2. 拷贝 JBrowse 模板（只在第一次）
  ##################################
  #if [[ ! -f "$workdir/config.json" ]]; then
  #  cp -r "$TEMPLATE_DIR"/* "$workdir/"
  #fi

  ##################################
  # 3. 进入物种目录
  ##################################
  pushd "$workdir" > /dev/null

  ##################################
  # 4. 定位 FASTA
  ##################################
  #fasta=$(ls ${FASTA_DIR}/${GenBank_accession}*.fna.gz 2>/dev/null | head -n 1)
  #if [[ -z "$fasta" ]]; then
  #  echo "❌ FASTA not found for $GenBank_accession"
  #  popd > /dev/null
  #  continue
  #fi

  ##################################
  # 5. 定位 GFF
  ##################################
  gff=$(ls ${GFF_DIR}/${GenBank_accession}*sorted.gff3.gz 2>/dev/null | head -n 1)
  if [[ -z "$gff" ]]; then
    echo "❌ GFF not found for $GenBank_accession"
    popd > /dev/null
    continue
  fi

  ##################################
  # 6. 添加 assembly（显示名用 Organism_name）
  ##################################
  jbrowse add-assembly "$fasta" \\
    --name "$species" \\
    --load copy \\
    >/dev/null 2>&1 || true

  ##################################
  # 7. 添加基因注释轨道
  ##################################
  jbrowse add-track "$gff" \\
    --assemblyNames "$species" \\
    --load copy \\
    --name "Genes" \\
    >/dev/null 2>&1 || true

  ##################################
  # 8. 回到上级目录
  ##################################
  popd > /dev/null

  echo "✅ Done: $species"
  echo
done

需要一个信息表格spe.tsv