"): # 如果是以">"开头的行，表示基因ID行 gene_id = line[1:].strip() # 获取基因ID # 如果基因ID在替换字典中，则替换为新ID if gene_id in replacement_dict: new_gene_id = replacement_dict[gene_id] outfile.write(f">{new_gene_id}\n") else: outfile.write(line) # 如果没有匹配到替换ID，保持原ID else: # 不是基因ID行（即FASTA序列行），直接写入输出文件 outfile.write(line) # 主函数 def"> "): # 如果是以">"开头的行，表示基因ID行 gene_id = line[1:].strip() # 获取基因ID # 如果基因ID在替换字典中，则替换为新ID if gene_id in replacement_dict: new_gene_id = replacement_dict[gene_id] outfile.write(f">{new_gene_id}\n") else: outfile.write(line) # 如果没有匹配到替换ID，保持原ID else: # 不是基因ID行（即FASTA序列行），直接写入输出文件 outfile.write(line) # 主函数 def"> "): # 如果是以">"开头的行，表示基因ID行 gene_id = line[1:].strip() # 获取基因ID # 如果基因ID在替换字典中，则替换为新ID if gene_id in replacement_dict: new_gene_id = replacement_dict[gene_id] outfile.write(f">{new_gene_id}\n") else: outfile.write(line) # 如果没有匹配到替换ID，保持原ID else: # 不是基因ID行（即FASTA序列行），直接写入输出文件 outfile.write(line) # 主函数 def"> 
# 导入必要的库
import re

# 读取替换信息文件 as.txt
def read_replacement_info(file_path):
    replacement_dict = {}
    with open(file_path, 'r') as f:
        for line in f:
            old_id, new_id = line.strip().split()  # 假设文件是空格分隔的
            replacement_dict[old_id] = new_id
    return replacement_dict

# 替换FASTA文件中的基因ID
def replace_gene_ids(input_fasta, output_fasta, replacement_dict):
    with open(input_fasta, 'r') as infile, open(output_fasta, 'w') as outfile:
        for line in infile:
            if line.startswith(">"):  # 如果是以">"开头的行，表示基因ID行
                gene_id = line[1:].strip()  # 获取基因ID
                # 如果基因ID在替换字典中，则替换为新ID
                if gene_id in replacement_dict:
                    new_gene_id = replacement_dict[gene_id]
                    outfile.write(f">{new_gene_id}\\n")
                else:
                    outfile.write(line)  # 如果没有匹配到替换ID，保持原ID
            else:
                # 不是基因ID行（即FASTA序列行），直接写入输出文件
                outfile.write(line)

# 主函数
def main():
    input_fasta = 'AT-bhlh1.fa'  # 输入FASTA文件路径
    replacement_file = 'as.txt'  # 替换信息文件路径
    output_fasta = 'AT-bhlh2.fa'  # 输出FASTA文件路径
    
    # 读取替换信息文件
    replacement_dict = read_replacement_info(replacement_file)
    
    # 替换基因ID并保存结果
    replace_gene_ids(input_fasta, output_fasta, replacement_dict)
    print(f"基因ID已成功替换并保存到 {output_fasta}")

# 运行脚本
if __name__ == "__main__":
    main()