不同服务器传文件

1文件传到2文件。
scp -r 1的文件夹 -f则是文件  2的用户名@2的ip地址:2的目标位置
scp -r GDDR1694-1-18例地衣RNA-Seq测序/ [email protected]:/home/liuli/liuli/liuli/geneomic

不同版本gcc调用

scl enable devtoolset-9 bash

不同版本gblic，下载docker镜像

singularity pull distroless.sif docker://docker-0.unsee.tech/istio/distroless
singularity pull ubuntu-18.04.sif docker://docker-0.unsee.tech/dokken/ubuntu-18.04
singularity pull spades.sif docker://docker-0.unsee.tech/pegi3s/spades

示例脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=my_job
#SBATCH --partition=V100
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --nodelist=gpu32
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH [email protected]
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=4G
#SBATCH --time=3600:00:00
#SBATCH --account=liuli
#SBATCH --output=output.log
#SBATCH --error=error.log

cd /home/liuli/iqtree/iqtree-2.2.2.6-Linux/filter

# 循环运行命令
for i in *aln; do
    ~/iqtree/iqtree-2.2.2.6-Linux/bin/iqtree2 -m JTT -bb 1000 -alrt 1000 -s "$i"
done

##查看空闲节点的信息

sinfo -t idle

##检查资源请求：

sinfo -N -o "%N %P %c %m %G"

##开始命令

sbatch [test.sh](<http://test.sh/>)

##取消命令：

scancel job_id

##查看作业运行状态：

squeue ##R为运行 PD为挂起

scontrol 查看正在运行的作业信息