大豆以其丰富的蛋白质和油脂成分成为重要的经济产物，但是大豆花叶病毒（SMV）严重影响了大豆的产量。因此本论文旨在探究大豆响应SMV侵染后分子机制的研究。论文采用RNA-seq鉴定出在坏死症状中高表达的GmPR1s 基因，随后分析了该基因家族在大豆中发分布情况。针对特异性响应水杨酸的三个GmPR1s基因进行了
RNAi干扰、酵母单杂、EMSA等实验，探究出GmPR1基因在大豆中一系列响应机制。最后，利用 GWAS 鉴定出多个与 SMV 显著关联的 SNP 位点，为抗病育种提供了新的靶标。总体来说，论文格式规范度较好，基本符合博士论文要求。

本文实验设计连贯紧密，科研逻辑流畅，作者实验功底较为扎实，实验内容介绍较为详细，但是任然有几点需要进行修改：
1、34页3.2.7，关于转录组原始数据的第一步，包含接头污染，则丢弃该配对读太过严苛，一般优先使用工具修剪接头污染
2、38页图3.3的label是否标注错误，log2FC为变化倍数，应是两组比较之后得到的数值，而图片描述显示为表达模式图，互相矛盾（下同）。
3、56页图4.1，在构建方法中，请补充说明本论文中所构建的系统发育树，是ML树还是NJ树，或者是其它模型构建的？同时，为何系统发育树上没有bootstrap值？
4、61页图4.5为何两行都是JA-Val？
5、62页图4.6中MeJA应为绿线
6、第七章模型选择中，不应只以准确性为参考，还需要关注AUC等值。