运行busco

busco -i lh_green.FINAL.fasta -o busco -l /home/my/database/busco/firmicutes_odb10 -m genome -c 12 -e 1e-05
busco_plot -wd run_busco/ ##绘图
Rscript busco_figure.R
##物种数据库
<https://busco-data.ezlab.org/v4/data/lineages/>
##新版
conda activate hifi
busco -i ~/rna-seq/hic-final-green.fasta.masked -o hic -l ./eukaryota_odb10 -m genome -c 12 -e 1e-05
generate_plot.py -wd ./hic

#简单设置如下，其它参数暂且使用默认值
#-i，输入组装基因组草图“Bacillus_subtilis.scaffolds.fasta”
#-o，结果输出路径
#-l，单拷贝基因集“firmicutes_odb10”的存放路径
#-m，运行基因组评估模式
#-c，程序运行线程数为 4 以提升运行速率
#-e，序列比对 e 值的阈值设为 1e-5

quast评估基因组

conda activate python37
quast.py -t 10 -o test1_out out.fa

主要结果为report.html

merqury组装完整度

conda activate merqury
sh $MERQURY/best_k.sh 102,332,613 ## 确定最佳的kmer大小，获得k值
for i in {1..2}; do
  meryl k=19 count output read$i.meryl merged.clean$i.fq
done
#合并meryl
meryl union-sum output read.meryl read*.meryl
#运行merqury
merqury.sh read.meryl genome_file.fa profix

##三代测序
meryl k=18 count output read.meryl ../20211018-NPL3724-P6-PAJ02353.pass.fastq
./merqury-master/merqury.sh  read.meryl  lh.fa  output

基因组回帖率

二代测序

bwa index assembly.fa
bwa mem -t 16 assembly.fa reads_R1.fq reads_R2.fq | samtools view -bS - > aln.bam
samtools flagstat aln.bam

三代测序

minimap2 -x map-pb -t 16 assembly.fa longreads.fq -a | samtools view -bS - > aln.bam
samtools flagstat aln.bam

LAI值计算

gt suffixerator \\
  -db ~/backup/green/hic-final-green.fasta \\
  -indexname green \\
  -tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dna
gt ltrharvest \\
  -index green \\
  -similar 90 -vic 10 -seed 20 -seqids yes \\
  -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 \\
  -motif TGCA -motifmis 1  > green.harvest.scn
LTR_retriever -genome ~/backup/green/hic-final-green.fasta -inharvest green.harvest.scn

cat lh.fa.out.LAI |head
**第二行最后一列即为总基因组的LAI值
评价标准**：|LAI|category| |----|----| |0<LAI<10|draft| |10=<LAI<20|reference| |LAI>=20|Gold|