判断文件是否存在

while read -r file; do
  if [ -f "$file" ]; then
    echo "$file exists"
  else
    echo "$file does not exist"
  fi
done < manifest.txt

cp命令

cp: Copy file
拷贝并粘贴文件
-b  覆盖前做备份
-f  如存在不询问而强制覆盖
-i  如存在则询问是否覆盖
-u  较新才覆盖
-t  将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后

mv命令

mv: Move file
移动文件，相当于windows下的剪切粘贴，如果剪切粘贴到同一目录下，则为重命令。
-b  覆盖前做备份
-f  如存在不询问而强制覆盖
-i  如存在则询问是否覆盖
-u  较新才覆盖
-t  将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后

rm命令

rm: Remove file
删除文件
-r  删除文件夹
-f  删除不提示
-i  删除提示
-v  详细显示进行步骤

ln命令

ln: Link files
创建连接文件，包括软连接和硬链接，一般软连接比较常用，相当于windows下的快捷方式。
-s  建立软连接  
-v  显示详细的处理过程

vim命令

vim是Linux系统自带的文本编辑器，可以理解成为windows系统下的word软件。

:w filename 将文章以指定的文件名保存起来  
:wq 保存并退出
:q! 不保存而强制退出
命令行模式功能键
1）插入模式
  按「i」切换进入插入模式「insert mode」，按"i"进入插入模式后是从光标当前位置开始输入文件；
  按「a」进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；
  按「o」进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。

2）从插入模式切换为命令行模式
按「ESC」键。
3）移动光标
　　vi可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的vi是用小写英文字母「h」、「j」、「k」、「l」，分别控制光标左、下、上、右移一格。
　　按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移动一页。
　　按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移动一页。
　　按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移动半页。
　　按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移动半页。
　　按数字「0」：移到文章的开头。
　　按「G」：移动到文章的最后。
　　按「$」：移动到光标所在行的"行尾"。
　　按「^」：移动到光标所在行的"行首"
　　按「w」：光标跳到下个字的开头
　　按「e」：光标跳到下个字的字尾
　　按「b」：光标回到上个字的开头
　　按「#l」：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。

4）删除文字
　　「x」：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。
　　「#x」：例如，「6x」表示删除光标所在位置的"后面"6个字符。
　　「X」：大写的X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。
　　「#X」：例如，「20X」表示删除光标所在位置的"前面"20个字符。
　　「dd」：删除光标所在行。
　　「#dd」：从光标所在行开始删除#行

5）复制
　　「yw」：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
　　「#yw」：复制#个字到缓冲区
　　「yy」：复制光标所在行到缓冲区。
　　「#yy」：例如，「6yy」表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6行文字。
　　「p」：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。

6）替换
　　「r」：替换光标所在处的字符。
　　「R」：替换光标所到之处的字符，直到按下「ESC」键为止。

7）回复上一次操作
　　「u」：如果您误执行一个命令，可以马上按下「u」，回到上一个操作。按多次"u"可以执行多次回复。

8）更改
　　「cw」：更改光标所在处的字到字尾处
　　「c#w」：例如，「c3w」表示更改3个字

9）跳至指定的行
　　「ctrl」+「g」列出光标所在行的行号。
　　「#G」：例如，「15G」，表示移动光标至文章的第15行行首。

mkdir命令

mkdir：Make directory
创建文件夹
-p  递归创建目录，若父目录不存在则依次创建
-m  自定义创建目录的权限
-v  显示创建目录的详细信息

tar命令

$ tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C #打包压缩为bz2结尾文件
$ tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解压缩.tar.bz2结尾文件

$ tar -zcvf filename.tar.gz A B C #打包压缩为gz结尾文件
$ tar -zxvf filename.tar.gz # 解压缩.tar.gz 结尾文件

sort命令

排序，默认按第一列排序，可以通过-k进行设置；默认排序规则为按ASCII码排序，可以通过-n进行修改；-r取相反方向；
-n   依照数值的大小排序。
-o   将排序后的结果存入指定的文件。
-r   以相反的顺序来排序。
-t   指定排序时所用的栏位分隔字符。
-k   选择以哪个区间进行排序。

grep命令

#案例一：统计fasta文件中序列的条数；
grep -c ">"  gene.ffn
#案例二：输出满足条件的序列；
grep -A 2 "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#案例三：筛选出不满足条件的内容；
ps -fx | grep -v "S"